Освен годишните изяви на Льо Ман , GT автомобилите участвали в шампионата BPR , който по-късно е сменен от организираният от ФИА GT шампионат. Въпреки че участват големи имена като Порше и Мерцедес-Бенц , организаторите считали за нужно да привлекат и Ферари за да възвърнат славата от 60те години. През 1998 единият от организаторите Стефан Рател убеждава Жан Тод да помисли върху възможноста за създаването на състезателна версия на Ф50. Построени са 3 автомобила, но поради различни причини програмата е закрита.
Правилата са променени и автомобилите от клас GT1 стават неизползваеми. Нови два класа са съзададени „ N-GT” за средно модифицирани автомобили и “GT” позволяващ повече промени. За да се изравнят силите всички автомобили имали определени ограничения. По-важното обаче е , че частни отбори можели да получат хомологация за състезателен автомобил дори ако производителя няма направена състезателна версия на колата. Това дало път на автомобили Ферари разработени напълно независимо от завода в Италия.
Рател лесно успява да събере желащи частни тимове, които искали състезателни GT автомобили. Машините били направени от Italtecnica и били базирани на Ферари 550 Маранело. Вече съществуващи и дори катастрофирали автомобили били използвани за направата на новите състезателни машини. Направените автомобили дебютират през 1999 като са предвидени за участия през новото хилядолетие, заради това печелят прекора Millenio. През сезона са използвани два автомобила, който успяват да покажат добра скорост, но имали ниска издръжливост. Заради лошата издръжливост третата поръчана кола била отказана. Третата кола била предвидена за Фредерик Дор.
Все пак към 550 Маранело все още има интерес за използване като състезателен автомобил и Дор се свързва с Prodrive Великобритания. След кратко проучване е открито , че има потенциал в програма за 550 Маранело и Дор поръчва да бъдат направени два състезателни автомобила. Програмата е завършена през 2001 като се появява първото 550 GTS на Prodrive.
Пражилникът в клас GT гласял, че структурата на двигателя , купето и шасито трябва да останат близки до шосейния вариант. Тези правила давали големи свободи за разработки на Prodrive. Първо започнали с двигателя, който се представял слабо при машините направени от Italtecnica. Двигателят е леко уголемен, поставен на по-ниско и по-назад в шасито за по-добро разпределение на тежестта. Интензивно се използват карбонови елементи като теглото е намалено до 1100 килограма. Огромен заден спойлер завършвал аеродинамичния пакет на колата.
Колата дебютира в 6тия кръг на шампионата на пистата Хунгароринг като заради проблеми колата отпада в началото на състезанието. Само два кръга по-късно в Австрия на А1, колата постиг а първата си победа. Трето място на Нюрбургринг и победа на Харама са останалите добри резултати през дебютния сезон. През 2002 са направени още автомобили за други частни отбори и са постигнати още победи. Prodrive участват на Льо Ман с 550 GTS като успяват да се класират по-напред от конкурентите с Вайпър и Корвет, но колата отпада в 13тия час от състезанието.
Уроците от сезон 2003 са научени и сезона е напълно доминиран от колите построени от Prodrive и използвани от BMS Scuderia Italia. Veloqx Prodrive се завръща на Льо Ман като на финала води на Корвета на втора позиция с 10 обиколки. Това е победа за Ферари след повече от 30 години. Най-голямото признание идва от самата компания Ферари, която обявава , че ще създаде състезателна версия на 575 Maranello. Колата направена от Ферари печели на дебютното състезание , но след това рядко успява да постигне темпото на 550 GTS.
Успехите продължават и през 2004 в шампионата FIA GT. На Льо Ман обаче 550 GTS не може да поддържа темпото на Корветите. За 2005 двата Корвета били наказани да носят допълнително тегло заради темпотот си подобно на състезателните прототипи. Това не попречило на Шевролет с новия им C6.R. Фераритата се представят зле сравнени с C6.R и новия Астън Мартин DBR9.
Prodrive приключват връзката си 550 през 2004, когато Астън Мартин им възлага да направят състезателна версия на DB9. В шампионата GT , Ферарита често са задминавани от Мазерати MC12 , но в сериите Льо Ман показват потенциала си с няколко победи.
Благодарение на Фредерик Дор и Prodrive е добавена нова страница в състезателната история на Ферари. Успехите на 550 GTS напомнили за отминалите славни времена на автомобили като 250 GTO и 365 GTB/4 Competizione.
