Периодът след смъртта на Енцо Ферари през 1988 е сравнително успешен за отбора от Формула 1. Постигат се трето и второ място при конструкторите през 1989 и 1990 съовтветно. Групата от разработчици водена от Джон Бърнард въвежда технологията за смяна на скоростите от волана. Елемент , който днес се използва дори в шосейните автомобили на компанията. Двигателите на Ферари също за върха на технологията по това време. V12 с по 5 клапана на цилиндър. След напускането на Бърнард, отборът запада като победа не е постигната чак до 1991 година. Заместникът на Бърнард, Стийв Николс създава автомобил с двоен под, който е неуспешен през сезон 1992 и са постигнати само две трети места. 

След три години, ФИАТ най-накрая откриват достоен заместник за мястото на Commendatore , на мястото на Енцо Ферари е поставен Лука Кордеро ди Монтедземоло. Адвокат по образование , той започва своята дълга кариера при Ферари като дясна ръка на Енцо Ферари и директор на спортния отдел на марката. Под негово ръководство отбора постига успехите си през 70те години, които са 3 титили при пилотите и 4 титли при конструкторите. Монтедземоло е поставен на чело на цялата компания Ферари, но той обещава да направи всичко възможно да върне отбора от Формула 1 сред победителите. Монтедземоло започва да изгражда силен отбор като възстановява Бърнард на предишния му пост. Целта е да се преработи Ф92  за сезон 1993. 

Резултатите от тази преработка не са впечатляващи, но второто място на Жан Алези на Монца показва , че отбора се движи в правилната посока. Алези използвал автомобил с V12 и вече 4 клапана на цилиндър. Следващият ход на Монтедземоло е да привлече успешния мениджър на Пежо Жан Тод на позицията мениджър на отбора във Формула 1. В същото време Бърнард продължава да работи за Ферари, но от офиса си във Великобритания. Това не е идеалната ситуация за Ферари, но алтернатива няма. Пилоти по това време са бързите и стабилни пилоти Жан Алези и Герхард Бергер. Те остават в отбора за няколко сезона. 

През 1994 Ферари отново са претенденти за титлата. Сезонът е помрачен от трагичната загуба на Аертон Сена на Имола  на състезанието за голямата награда на Сан Марино. В края на сезона победител е Шумахер с Бенетон. Ферари използват 412 Т1 , който има V12  двигател с обем от 3,5 литра и мощност от 850 к.с. Бергер успява да победи на Хокехайм, а пилот на Ферари е на почетната стълбичка 11 пъти от 16 състезания. 

След драматичния сезон ФИА променят правилата за да направят болидите по-бавни и по-сигурни. Обемът на двигателя е намален до 3.0 литра. Инженерите на Ферари били подготвени за промяната и прехода към 412T2 станал плавно. Отново имало много подиуми като дори Алези спечелил състезанието в Канада. Шумахер отново е много силен и става шампион за втори път в кариерата си. 

Автомобилите 412 Т и 412 Т2  не са най-успешните машини на Ферари, но успяват да се противопоставят на далеч по-бързите Уйлямс и Бенетон с двигатели от Рено. 
412 Т2 става последния автомобил на компанията с двигател V12  във Формула 1.